故事讲述主角木之本樱意外地将用于封印卡牌的书籍打开。卡牌为魔法师库洛·里多创造之库洛牌，每张卡牌都有不同能力，拥有自我意识并随意行动。为了阻止它们对世界造成灾难，樱在守护者“可洛贝洛斯”的委托下，将四散的卡牌回收。透明牌篇：故事描述女主角木之本樱与男主角李小狼和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。小樱一次作梦时，梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后，小樱听到玻璃碎掉的声音。小樱从这个梦醒来后，翻开封印之书，发现樱之卡都变成透明的了！在与大道寺知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。